Peynir Çiçeği Mağarası Bodrum'un en nadir doğa harikalarından biridir. Kalkolitik Çağ ve Eski Tunç Çağı buluntuları ile yaklaşık 5000 yıllık bir mazisi bulunmaktadır . Çevresinde bulunan volkanik kayaların arasından sıyrılmış ufak karstik bir tepe içerisinde oluşmuştur. Mağaranın girişinden yaklaşık 5 metre aşağıda kış aylarında aktif olan dere yatağı da bulunmaktadır.

Fiziksel olarak ise iç kısmında birbirinden kalsit duvarlar ile ayrılmış birden fazla gözü bulunmaktadır. üst kısmında ise iki adet bacası bulunduğu görülüyor.

Mağaranın iç kısmında erozyon oluşumunun en az etkilediği bölümde ocak yanma izleri net bir şekilde görülmüştür. Sondajlama sırasında yoğun olarak seramik kalkolitik kaplara rastlanmış, bu bulunan kaplar Güney Egede ki ilk kalkolitik çağ yerleşim yeri olduğunun buluşu olmuştur.

Peynir çiçeği mağarası gerçektende bazı dönemlerde peynir gibi kokmaktadır, içerisinde damlayan sıvılar yaklaşık 100 asır önce peynir mayası olarak kullanılmıştır. Mağara ismini bu özelliğinden ötürü almıştır.